O trabalho realizado no projeto CetAMBICion está estruturado em seis áreas temáticas:

1. Revisão dos relatórios do segundo ciclo da DQEM e estado-da-arte para os cetáceos. A revisão integrada das avaliações feitas pelas EM na sub-região da Baía de Biscaia e da Costa Ibérica é o primeiro passo para viabilizar o trabalho proposto neste projeto. Deve ser a pedra angular para apoiar a avaliação sub-regional do grau de alcanço do Bom Estado Ambiental (BEA) para este componente do ecossistema, além do estabelecimento de novas medidas coordenadas que considerem as principais ameaças que afetam o Bom Estado Ambiental (BEA) dos mamíferos marinhos na sub-região;
2. Proposta de estratégia coordenada de avaliação e monitorização para os cetáceos. Desenvolver as técnicas necessárias para implementar, nos três países, uma estrutura de trabalho coordenada para a avaliação e monitorização regional das espécies de cetáceos e suas populações, adequada para fornecer informações biológicas-chave ainda ausentes a nível sub-regional;
3. Proposta de avaliação e monitorização coordenadas para a captura acidental de cetáceos. Analisar os esquemas de amostragem de captura acidental atualmente implementados nesta sub-região e propor uma estratégia e protocolo coordenados comuns para a Baía de Biscaia e a Costa Ibérica. Isso será feito considerando as características das frotas em cada país, as áreas e as artes de pesca que representam o maior risco, as diferentes metodologias para monitorizar a captura acidental, os métodos de avaliação do BEA e o cálculo dos limiares para a captura acidental;
4. Avaliação da eficácia de estratégias de redução da captura acidental de cetáceos e proposta de medidas técnicas de pesca. Fornecer o "Estado-da-arte" das possibilidades técnicas de redução da captura acidental para as pescas na área, através de uma revisão detalhada da informação disponível de outros projetos e realizar uma série de estudos piloto a bordo de embarcações de pesca comercial e avaliar as potenciais medidas técnicas de pesca para a gestão das pescas, incluindo regras de movimentação espacial;
5. Divulgação de resultados, participação setorial e estratégia de capacitação. Garantir o legado do projeto e a sua divulgação, transferindo os resultados e entregáveis para os principais utilizadores finais e promovendo a sua implementação;
6. Coordenação entre todos os parceiros. Assegurar o bom funcionamento e a gestão eficaz do projeto através do estabelecimento de diretrizes claras e procedimentos para a tomada de decisões internas e comunicação; realizando monitorização sistemática do progresso rumo ao alcance dos objetivos; garantindo a responsabilidade e o devido cuidado por parte da parceria em relação a todas as obrigações contratuais, incluindo a apresentação atempada e abrangente de relatórios e a entrega dos resultados.